תרכובת אורגנית המעורבת בתהליך התגובה החיסונית, נמצאת כמעט בכל רקמות הגוף ומשתחררת בעודף בתגובה אלרגית. פעילות ההיסטימין מתבטאת בהרחבת כלי דם, כיווץ שרירים חלקים ושיפור יכולת החומרים לחלחל דרך כלי הדם לצורך השמדת הגוף הזר. באופן נורמלי הפרשתו אל הדם מתרחשת כאשר חודר גוף זר (אלרגן) לגוף, ומשמש כמנגנון הגנה חשוב. אצל הסובלים מאלרגיות פועל המנגנון בעוצמה עודפת ומגיב גם לחומרים שאינם פתוגניים, כלומר מזיקים (אבקנים, אבק, קשקשי בעלי חיים ועוד).